Bioreaktori se mogu podijeliti u različite tipove na temelju materijala od kojeg su izrađeni, mehanizma miješanja, radnog volumena i ukupne namjene.

Najistaknutija razlika obično je u jednokratnoj i višekratnoj opremi. Dok je za bioreaktore za jednokratnu upotrebu jednokratna posuda za kulturu izrađena od plastičnog materijala, posude za višestruku upotrebu izrađene su od stakla ili nehrđajućeg čelika i zahtijevaju čišćenje i sterilizaciju između ciklusa procesa.

Vrlo uobičajeni mehanizam miješanja je preko središnjeg elementa za miješanje u posudi s kulturom. Ovaj dizajn spremnika s miješalicom dugo je bio zlatni standard za bioreaktore od nehrđajućeg čelika i još uvijek se primjenjuje za većinu bioreaktorskih sustava za jednokratnu upotrebu. Međutim, tehnologija miješanja ili ljuljanja može biti dobra alternativa za stanične linije osjetljive na stres smicanja. Ovdje se miješanje plinova i hranjivih tvari postiže ljuljanjem bioreaktora.

Budući da bioreaktori mogu imati radne volumene od samo nekoliko mililitara do nekoliko tisuća litara, često se razlikuju bioreaktorski sustavi laboratorijskih, pilotskih i proizvodnih bioreaktorskih sustava. Poseban podskup laboratorijskih bioreaktora su multiparalelni sustavi koji omogućuju istovremeno izvođenje eksperimenata s više kultura.

Konačno, postoji razlika između bioreaktora za uzgoj staničnih kultura i bioreaktora za mikrobnu kulturu. Obje vrste stanica imaju vrlo različite zahtjeve za uvjete uzgoja, što se odražava na dizajn i konfiguraciju specijaliziranih bioreaktorskih sustava.