Kromatografija hidrofobnih interakcij (HIC) ločuje in čisti biomolekule na podlagi razlik v njihovi hidrofobnosti. Vpojna fenilna membrana sledi enakim pravilom, ki jih poznamo pri običajni hidrofobni interakcijski kromatografiji. Zaradi velike velikosti por vpojna membrana kaže odlične lastnosti pretoka. V primerjavi s klasično kromatografijo s kroglicami skoraj ni difuzijske omejitve množičnega transporta. Pufri z visoko koncentracijo soli spodbujajo adsorpcijo beljakovin na matriksu hidrofobne membrane. Beljakovine se eluirajo z zmanjšanjem koncentracije soli v izpiralnem pufru.
HIC je odlična metoda za razlikovanje med ciljnimi beljakovinami in hidrofobnimi kontaminanti. Velike beljakovine se vežejo močneje kot majhne, agregati pa so zaradi večtočkovne vezave celo bistveno boljši od monomerov. Beljakovini raztopini najprej dodamo pufer z visoko ionsko močjo, običajno amonijev sulfat. Ioni soli v tej raztopini zmanjšajo raztapljanje topljencev v vzorcu. Ko se raztapljanje zmanjšuje, hidrofobna območja, ki postanejo izpostavljena, adsorbira hidrofobna membranska matrika. V HIC membrani se fleksibilna celuloza uporablja kot substrat za fenilni ligand. Membrana se lahko regenerira z vodo ali alkoholom.